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3.D【解析】二倍体或四倍体必须是由受精卵发育而来的，体细胞中含有两个或四个染色体组的个体，而单倍体是由配子发育而来的个体，由于图示细胞的来源未知，则其可能是体细胞，也可能是四倍体的生殖细胞，A正确：细胞分化的根本原因是基因的选择性表达，叶肉细胞与根细胞的基因(DNA)是相同的，但转录出来的mRNA不同，故叶肉细胞与根细胞结构与功能的不同与细胞内所含RNA不同有关，B正确：由于植株甲是雌雄同株植物，没有性染色体，所以测定植株甲的基因组序列时，需测定其一个染色体组所包含的DNA序列，C正确：图示细胞如果是植株甲体内的一个生殖细胞，则植株甲体细胞中通常有4个染色体组，在有丝分裂后期就会含有8个染色体组，D错误。