6.D【解析】本题主要考查生物的表现型与基因型等知识,考查学生的理解能力和综合运用能力。分析表格中数据可知纯合长毛兔(雄)×纯合短毛兔(雌)的子代中,雄兔全表现为长毛,雌兔全表现为短毛,说明雄兔中,长毛(D)为显性性状,而雌兔中,短毛(D)为显性性状,又F1雌雄个体交配,所得F2的雄兔中长毛:短毛=3:1,雌兔中长毛:短毛=1:3,控制长毛和短毛的基因位于常染色体上,故①错误,③正确;F1的基因型为DD(雄)、DD(雌),F1雌雄个体交配得到的F2中雄性:长毛(1DD+2DD):短毛(1DD)3:1,雌性:长毛(1Ⅳ):短毛(2D+1DD)=1:3,即F2雌雄个体的基因型相同,因此F2雌雄群体的基因D的频率相等,F2中短毛雌兔的基因型为DD或DD5,②④正确。